Laboratorium Genomiki i Analiz Epigenetycznych

Laboratorium Genomiki i Analiz Epigenetycznych
Centrum Badań Klinicznych, Uniwersytet Medyczny w Białymstoku (UMB)
ul. Waszyngtona 15c, 15-269 Białystok, Polska
Budynek Centrum Futuri

Kierownik laboratorium

Kierownik: dr n. chem. Magdalena Niemira

Nauka i technologie

Laboratorium Genomiki i Analiz Epigenetycznych to jeden z najlepiej wyposażonych ośrodków genomowych w Polsce, obecnie oferujący najwyższą przepustowość sekwencjonowania.

Laboratorium mieści się w nowoczesnym budynku będącym częścią kompleksu laboratoriów badawczych Centrum Futuri UMB.

Laboratorium świadczy szeroki zakres analiz NGS, w tym badania:

Infrastruktura laboratorium spełnia najwyższe standardy dla laboratoriów genetycznych, w tym posiada śluzy powietrzne oraz odpowiedni przepływ powietrza zapobiegający kontaminacjom.

Laboratorium posiada najnowocześniejszy sprzęt do sekwencjonowania nowej generacji NGS (ang. Next Generation Sequencing). Technologia ta umożliwia precyzyjną i bardzo szybką analizę wielu próbek równolegle.

Całego genomu (ang. Whole Genome Sequencing),

Całego eksomu (ang. Whole Exome Sequencing),

Całego transkryptomu (ang. total RNA-Seq)

Krótkiego niekodującego RNA (smallRNA-Seq)

Metylomu, dotyczące zmian w profilu i poziomie metylacji DNA (RRBS)

Ekspresji mRNA lub miRNA z wykorzystaniem platformy nCounter firmy Nanostring

Laboratorium wyposażone jest w system kilku platform do sekwencjonowania od najniższych przepustowości (Illumina NextSeq 500) do możliwości sekwencjonowania >100 genomów człowieka jednocześnie (Illumina NovaSeq X plus).

Ze względu na dużą ilość danych produkowanych z wykorzystaniem metod wielkoskalowych, Laboratorium aktywnie współpracuje z Laboratorium Obliczeniowej Medycyny Molekularnej UMB, które zapewnia wsparcie zarówno w zakresie analizy statystycznej wyników, jak i analizy bioinformatycznej, wymagającej jednoczesnego wykorzystania grup serwerów o odpowiedniej mocy obliczeniowej.

LGAE skupia się głównie na badaniach dotyczących nowotworów oraz chorób metabolicznych. Laboratorium ma na swoim koncie liczne współprace udokumentowane publikacjami naukowymi m.in. z Uniwersytetem Medycznym w Gdańsku, Politechniką Gdańską, Uniwersytetem Śląskim, Instytutem „Pomnik – Centrum Zdrowia Dziecka” czy z Albert Einstein College of Medicine (NY, USA).

Laboratorium osiąga najwyższe miejsca w corocznej certyfikacji dotyczącej oceny jakości danych wygenerowanych w sekwencjonowaniu całoeksomowym przeprowadzonej przez Europejską Sieć Kontroli Jakości Badań Genetycznych (EMQN – European Molecular Genetics Quality Network) i agencję Oceny Jakości Genomicznej (GenQA – Genomic Quality Assessment).

Naukowcy z LGAE otrzymali nagrodę Podlaska Marka 2024 w kategorii „Odkrycie” za opracowanie nieinwazyjnego testu w diagnostyce raka jajnika oraz zespołową nagrodę Ministra Zdrowia dla nauczycieli akademickich za wybitne osiągnięcia w zakresie działalności wdrożeniowej za wdrożenie technologii „omicznych” w ochronie zdrowia (2024).

dr n. chem. inż. Magdalena Niemira

Lider zespołu

Od 2013 roku związana z Uniwersytetem Medycznym w Białymstoku, gdzie od 2020 roku pełni funkcję adiunkta badawczego w Centrum Badań Klinicznych, a od 2023 roku – zastępcy dyrektora ds. badań genomicznych i epigenetyki. Od lipca 2025 roku kieruje Laboratorium Genomiki i Analiz Epigenetycznych CBK UMB. Współtworzyła i rozwijała zaplecze badawcze jednostki w zakresie analiz genomowych i epigenetycznych opartych na technologiach sekwencjonowania nowej generacji (NGS).

Dr Magdalena Niemira ukończyła studia magisterskie na kierunku biotechnologia o specjalności molekularno-farmaceutycznej na Wydziale Chemicznym Politechniki Gdańskiej, gdzie następnie uzyskała stopień doktora nauk chemicznych w zakresie biotechnologii. Jej praca doktorska dotyczyła badań nad mechanizmami działania przeciwnowotworowych pochodnych akrydyny i ich wpływu na aktywność receptorów jądrowych PXR.

Jej zainteresowania naukowe koncentrują się na identyfikacji i charakterystyce biomarkerów diagnostyczno-prognostycznych oraz potencjalnych celów terapeutycznych w nowotworach litych, a także na opracowywaniu modeli diagnostyczno-prognostycznych integrujących dane multiomiczne i kliniczne. W pracy badawczej łączy biologię molekularną z bioinformatyką, wykorzystując techniki wielkoskalowego sekwencjonowania (RNA-Seq, small RNA-Seq, RRBS) i analizy danych omicznych.

Podczas swojej kariery naukowej odbyła staże i szkolenia naukowe w krajowych i zagranicznych ośrodkach badawczych, m.in. w Centro Nacional de Investigaciones Cardiovasculares (CNIC) w Madrycie (Hiszpania), gdzie realizowała badania w zakresie analizy danych NGS. Dr Niemira prowadzi szeroką współpracę naukową z uznanymi ośrodkami w kraju i za granicą. Współpracuje m.in. z Montefiore Einstein Cancer Center (Albert Einstein College of Medicine, Nowy Jork, USA) w zakresie biologii miRNA i badań translacyjnych w onkologii oraz Institute of Biomedicine, University of Turku (Finlandia) w analizie danych NGS i scRNA-seq.

Podczas swojej kariery naukowej dr Magdalena Niemira zaangażowana była w realizację ponad 20 projektów naukowo-badawczych we współpracy krajowej i międzynarodowej. Posiada bogate doświadczenie w prowadzeniu badań naukowych i prac B+R finansowanych ze środków NCN, NCBiR oraz ABM, w ramach, których realizowała badania z zakresu genomiki, transkryptomiki i epigenetyki oraz analizy bioinformatycznej danych NGS. Była kierownikiem projektów naukowych Narodowego Centrum Nauki, w tym SONATA 5 i OPUS 17 (po stronie UMB), dotyczących molekularnych mechanizmów działania związków przeciwnowotworowych oraz roli mikroRNA w nowotworach litych. Obecnie kieruje projektem „PowerOMICS” finansowanym przez Agencję Badań Medycznych, ukierunkowanym na opracowanie i walidację modeli prognostycznych z wykorzystaniem danych multiomicznych w nowotworach litych. Współrealizowała także projekty w ramach programów STRATEGMED oraz IDUB UMB, obejmujące zastosowanie metod bioinformatycznych i sztucznej inteligencji w medycynie spersonalizowanej. Obecnie kieruje projektem „PowerOMICS” finansowanym przez Agencję Badań Medycznych, którego celem jest opracowanie i walidacja modeli diagnostyczno-prognostycznych integrujących dane multiomiczne i kliniczne w nowotworach litych.

Jest autorką i współautorką kilkudziesięciu publikacji naukowych w renomowanych czasopismach, takich jak Molecular Oncology, Human Genetics, Allergy czy PLOS Genetics. Jest również współautorką rozdziału w monografii naukowej wydawnictwa PZWL pt. „Genetyka w wybranych chorobach neurologicznych u dzieci. Od rozpoznania do leczenia” (2023).

dr n. med. Witold Bauer

adiunkt

dr n. med. Agnieszka Ostrowska

asystent

dr n. med. Anna Erol

asystent

dr n. med. Donata Ponikwicka-Tyszko

asystent

mgr Anna Zeller

specjalista naukowo-techniczny

mgr Gabriela Sokołowska

specjalista naukowo-techniczny

mgr Katarzyna Doroszko

starszy technik

mgr Joanna Mazankiewicz

starszy technik

mgr Wiktoria Turska

starszy technik

mgr Daniela Pliszko

starszy technik

Monika Hardt

Projekty badawcze

PowerOMICS

Finansowany przez: Agencja Badań Medycznych

Czas trwania:

01/10/2024 - 31/03/26

„PowerOMICS: opracowanie i walidacja modeli diagnostyczno-prognostycznych opratych na integracji danych multiomicznych i klinicznych u pacjentów z nowotworami litymi” (nr KPOD.07.07-IW-0217/24)

PRECISEMED

Finansowany przez: ERASMUS+

Czas trwania:

01/04/2024 - 31/03/2027

„Precision Medicine Education for Clinical Implementation and Science Excellence in Medical Training”

AxGD

Finansowanie przez: Agencja Badań Medycznych

Czas trwania:

19/07/2021 - 31/12/2025

„Ocena bezpieczeństwa i skuteczności stosowania ambroksolu (ABX) u polskich pacjentów z chorobą Gauchera, w tym postacią neuronopatyczną (GD typu III, GD3) wynikającą z homozygotycznej mutacji c.1448T>C (p.Leu483Pro) w genie GBA oraz z postaciami GD typu I i III związanymi z nosicielstwem innych wariantów GBA, na podstawie obrazu klinicznego i analiz multiomicznych”

MOBIT STRATEGMET

Finansowany przez: Narodowe Centrum Badań i Rozwoju

Czas trwania:

01/01/2016 - 30/11/2018

„Stworzenie referencyjnego modelu diagnostyki Personalizowanej Guzów Nowotworowych w oparciu o analizę hererogenności guza z wykorzystaniem biomarkerów genomowych, transkrypromu, i metabolomu oraz badań obrazowych PET/MRI jako narzędzia do wdrażania i monitorowania terapii zindywidualizowanej.” STRATEGMED2/266484/2/NCBR/2015

ABM

Finansowany przez: Agencję Badań Medycznych

Czas trwania:

01/07/2020 - 31/03/2021

„Przeprowadzenie analizy genomu wirusa SARS-CoV-2 oraz genomu pacjentów z COVID-19 w celu opracowania zestawu genetycznych markerów określających osobniczą wrażliwość na zakażenie koronawirusem SARS-CoV-2 i ciężkość przebiegu COVID-19" 2020/ABM/COVID19/0001

SONATA

Finansowany przez: Narodowe Centrum Nauki

Czas trwania:

11/06/2014 - 10/12/2017

„Rola zależności pomiędzy receptorami PXR i AR w leczeniu nowotworów hormonozależnych.” 2013/09/D/NZ7/04185

OPUS

Finansowany przez: Narodowe Centrum Nauki

Czas trwania:

01/04/2020 do 01/09/2023

„Specyficzne oddziaływania nowych przeciwnowotworowych niesymetrycznych bisakrydyn z DNA i białkami ABC oraz ich zdolność do modulacji aktywności enzymatycznej i transkrypcji receptorów jądrowych jako elementy molekularnego mechanizmu ich działania.” 2019/33/B/NZ7/02534

Inkubator Innowacyjności 4.0

Finansowany przez: Programu Operacyjnego Inteligentny Rozwój 2014 – 2020

Czas trwania:

21/11/2022 - 31/03/2023

„Nieinwazyjny test płynnej biopsji do diagnostyki niskozróżnicowanego surowiczego raka jajnika.”

WHIH

Finansowany przez: Agencja Badań Medycznych

Czas trwania:

01/03/2023 – 31/12/2023

„Test diagnostyczny dla niskozróżnicowanego nowotworu jajnika oparty o markery miRNA” - I edycji Programu Platformu Mentoringowej Warsaw Health Innovation Hub (WHIH) jako projekt o wysokim potencjale komercjalizacyjnym

P.243444

Diagnostyczny zestaw biomarkerów miRNA do diagnostyki raka jajnika, sposób diagnostyki in vitro raka jajnika, zastosowania takiego zestawu biomarkerów miRNA oraz zestaw testowy do diagnostyki in vitro raka jajnika.

Wybrane publikacje

Wszystkie publikacje

Poznaj nasze najnowsze recenzowane publikacje naukowe z zakresu genomiki, onkologii i medycyny precyzyjnej.

  • Niemira M, Skwarska A, Chwialkowska K, Ostrowska A, Sokolowska G, Zeller A, Erol A, Eljaszewicz A, Hanczaruk B, Michalska-Falkowska A, Tarasik A, Reszec-Gielazyn J, Knapp P, Moniuszko M, Kretowski A. Adenosine-to-inosine editing of 
miR-200b-3p is associated with the progression of high-grade serous ovarian cancer. Mol Oncol. 2025 Aug 8. doi:
    https://doi.org/10.1002/1878-0261.70106
    PMID: 40779358
  • Erol A, Chwialkowska K, Zeller A, Skwarska A, Ostrowska A, Sokolowska G, Doroszko K, Sidorkiewicz I, Raczkowska J, Toczydlowski D, Michalska-Falkowska A, Kuzmicki M, Szamatowicz J, Gielazyn-Reszec J, Ryn M, Knapp P, Moniuszko M, Kretowski A, Niemira M. Repurposing of PI3K inhibitors for high-grade serous ovarian cancer: A novel competing endogenous network analysis-based approach. Comput Biol Med. 2025 Aug;194:110471. doi:
    https://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2025.110471
    PMID: 40472506
  • Niemira M, Bielska A, Chwialkowska K, Raczkowska J, Skwarska A, Erol A, Zeller A, Sokolowska G, Toczydlowski D, Sidorkiewicz I, Mariak Z, Reszec J, Lyson T, Moniuszko M, Kretowski A. Circulating serum miR-362-3p and miR-6721-5p as potential biomarkers for classification patients with adult-type diffuse glioma. Front Mol Biosci. 2024 Feb 22;11:1368372. doi:
    https://doi.org/10.3389/fmolb.2024.1368372
    PMID: 38455766; PMCID: PMC10918470
  • Niemira M, Erol A, Bielska A, Zeller A, Skwarska A, Chwialkowska K, Kuzmicki M, Szamatowicz J, Reszec J, Knapp P, Moniuszko M, Kretowski A. Identification of serum miR-1246 and miR-150-5p as novel diagnostic biomarkers for high-grade serous ovarian cancer. Sci Rep. 2023 Nov 7;13(1):19287. doi:
    https://doi.org/10.1038/s41598-023-45317-7
    PMID: 37935712; PMCID: PMC10630404.
  • Kwasniewski M*, Korotko U*, Chwialkowska K*, Niemira M, Jaroszewicz J, Sobala- Szczygiel B, Puzanowska B, Moniuszko-Malinowska A, Pancewicz S, Parfieniuk- Kowerda A, Martonik D, Zarebska-Michaluk D, Simon K, Pazgan-Simon M, Mozer- Lisewska I, Bura M, Adamek A, Tomasiewicz K, Pawłowska M, Piekarska A, Berkan- Kawinska A, Horban A, Kowalska J, Podlasin R, Wasilewski P, Azzadin A, Czuczwar M, Borys M, Piwowarczyk P, Czaban S, Bogocz J, Ochab M, Kruk A, Uszok S, Bielska A, Szałkowska A, Raczkowska J, Sokołowska G, Chorostowska-Wynimko J, Jezela- Stanek A, Rozy A, Lechowicz U, Połowianiuk U, Tycinska A, Grubczak K, Starosz A, Izdebska W, Krzemiński TF, Bousqet J, Franchini G, Hadlock J, Kretowski A, Akdis M, Akdis CA, Sokolowska M, Eljaszewicz A, Flisiak R, Moniuszko M. Implementation of the web-based calculator estimating odds ratio of severe COVID-19 for unvaccinated individuals in a country with high coronavirus-related death toll. Allergy. 2023 Jan;78(1):311-314. doi:
    https://doi.org/10.1111/all.15524
    PMID: 36129377; PMCID: PMC9537959.
  • Sidorkiewicz I, Jóźwik M, Buczyńska A, et al. Identification and subsequent validation of transcriptomic signature associated with metabolic status in endometrial cancer. Sci Rep. 2023;13(1):13763. Published 2023 Aug 23. doi:10.1038/s41598-023-40994-w
  • Juchnicka I, Kuźmicki M, Niemira M, et al. miRNAs as Predictive Factors in Early Diagnosis of Gestational Diabetes Mellitus. Front Endocrinol (Lausanne). 2022;13:839344. Published 2022 Mar 7. doi:10.3389/fendo.2022.839344
  • Tynecka M, Janucik A, Niemira M, et al. The short-term and long-term effects of intranasal mesenchymal stem cell administration to noninflamed mice lung. Front Immunol. 2022;13:967487. Published 2022 Sep 16. doi:10.3389/fimmu.2022.967487
  • Zbucka-Kretowska M, Niemira M, Paczkowska-Abdulsalam M, et al. Prenatal circulating microRNA signatures of foetal Down syndrome. Sci Rep. 2019;9(1):2394. Published 2019 Feb 20. doi:10.1038/s41598-018-35876-5
  • Bielska A, Niemira M, Bauer W, et al. Serum miRNA Profile in Diabetic Patients With Ischemic Heart Disease as a Promising Non-Invasive Biomarker. Front Endocrinol (Lausanne). 2022;13:888948. Published 2022 May 18. doi:10.3389/fendo.2022.888948
  • Popeda M, Markiewicz A, Stokowy T, et al. Reduced expression of innate immunity-related genes in lymph node metastases of luminal breast cancer patients. Sci Rep. 2021;11(1):5097. Published 2021 Mar 3. doi:10.1038/s41598-021-84568-0

Współpracujemy z: