Laboratorium Obliczeniowej Medycyny Molekularnej (LOMM)
Laboratorium Obliczeniowej Medycyny Molekularnej (LOMM)
Centrum Badań Klinicznych, Uniwersytet Medyczny w Białymstoku (UMB)
ul. Waszyngtona 15c, 15-269 Białystok, Polska
Budynek Centrum Futuri
Kierownik laboratorium
dr n. biol. inż. Karolina Chwiałkowska
Nauka i technologie
Zajmujemy się biologią obliczeniową i bioinformatyką w kontekście badań multiomicznych w nowotworach, chorobach metabolicznych oraz rzadkich. Analizujemy dane omiczne z sekwencjonowania następnej generacji (NGS).
Specjalizujemy się szczególnie w analizach epigenetycznych i transkryptomicznych obejmujących bioinformatyczne przetwarzanie i analizę danych w aplikacjach.
RRBS (metylom – metylacja DNA; Reduced Representation Bisulfite Sequencing)
Bulk RNA-Seq (transkryptom – ekspresja genów kodujących białka i lncRNA)
Bulk smallRNA-Seq (mikrotranskryptom – ekspresja i edycje dojrzałych miRNA)
scRNA-Seq (analizy transkryptomowe pojedynczych komórek)
Posiadamy dostęp do wysokowydajnego klastra obliczeniowego (HPC) w ramach infrastruktury UMB.
dr n. biol. inż. Karolina Chwiałkowska
bioinformatyk (Centrum Bioinformatyki i Analizy Danych UMB)
Nasze badania koncentrują się na identyfikacji biomarkerów w oparciu o analizę danych genomicznych, transkryptomicznych i proteomicznych w celu poprawy diagnostyki i terapii celowanych.
dr n. farm. Anna Michalska-Falkowska
specjalista ds. danych klinicznych (Biobank UMB)
Nasze badania koncentrują się na identyfikacji biomarkerów w oparciu o analizę danych genomicznych, transkryptomicznych i proteomicznych w celu poprawy diagnostyki i terapii celowanych.
dr. hab. Mirosław Kwaśniewski
ekspert ds. analizy danych i prac B+R (Centrum Bioinformatyki i Analizy Danych UMB)
Nasze badania koncentrują się na identyfikacji biomarkerów w oparciu o analizę danych genomicznych, transkryptomicznych i proteomicznych w celu poprawy diagnostyki i terapii celowanych.
dr n. med. Witold Bauer
specjalista ds. analizy i zarządzania danymi (Centrum Badań Klinicznych UMB)
Nasze badania koncentrują się na identyfikacji biomarkerów w oparciu o analizę danych genomicznych, transkryptomicznych i proteomicznych w celu poprawy diagnostyki i terapii celowanych.
Wybrane publikacje
Poznaj nasze najnowsze recenzowane publikacje naukowe z zakresu genomiki, onkologii i medycyny precyzyjnej.
-
Niemira M, Skwarska A, Chwialkowska K, Ostrowska A, Sokolowska G, Zeller A, Erol A, Eljaszewicz A, Hanczaruk B, Michalska-Falkowska A, Tarasik A, Reszec-Gielazyn J, Knapp P, Moniuszko M, Kretowski A. Adenosine-to-inosine editing of miR-200b-3p is associated with the progression of high-grade serous ovarian cancer. Mol Oncol. 2025 Aug 8. doi:https://doi.org/10.1002/1878-0261.70106PMID: 40779358
-
Erol A, Chwialkowska K, Zeller A, Skwarska A, Ostrowska A, Sokolowska G, Doroszko K, Sidorkiewicz I, Raczkowska J, Toczydlowski D, Michalska-Falkowska A, Kuzmicki M, Szamatowicz J, Gielazyn-Reszec J, Ryn M, Knapp P, Moniuszko M, Kretowski A, Niemira M. Repurposing of PI3K inhibitors for high-grade serous ovarian cancer: A novel competing endogenous network analysis-based approach.Comput Biol Med. 2025 Aug;194:110471. doi:https://doi.org/10.1002/1878-0261.70106PMID: 40779358
-
Loberti L, Adamo L, Antolini E, Casamassima G, Destrèe A, Brunetti-Pierri N, Genevieve D, Christophe P, Coubes C, Van Esch H, Herget T, Kortüm F, Lisfeld J, Möllring AC, Zenker M, Levy J, Perrin L, Tabet AC, Maruani A, Sorlin A, Stieber D, Herissant L, Dahan K, Sinibaldi L, Capolino R, Dentici ML, Dallapiccola B, Novelli A, Garavelli L, Caraffi SG, Piatelli G, Valenzuela I, Digilio MC, Caumes R, Knopp C, Chwiałkowska K, Jezela-Stanek A, Kwasniewski M, Korotko U, Gorzałczyńska E, Canitano R, Grosso S, Rahikkala E, Mattern L, Elbracht M, Zuffardi O, Caputo V, Toschi B, Beunders G, Leeuwen L, Elting MW, van der LaanL, Broekema MF, Groffen AJ, van de Kamp JM, van Haelst MM, Alders M, Mauro SP, De Razza F, Varvara D, Kick J, Gaspar H, Braun D, Lausberg E, Maier A, Ruault V, Genesio R, Tartaglia M, Tita R, Bruttini M, Longo I, Baldassarri M, Mencarelli MA, Renieri A, Pinto AM. AUTS2-related syndrome: Insights from a large European cohort. Genet Med. 2025 Jun;27(6):101375. doi:https://doi.org/10.1002/1878-0261.70106PMID: 40779358
-
Niemira M, Skwarska A, Chwialkowska K, Ostrowska A, Sokolowska G, Zeller A, Erol A, Eljaszewicz A, Hanczaruk B, Michalska-Falkowska A, Tarasik A, Reszec-Gielazyn J, Knapp P, Moniuszko M, Kretowski A. Adenosine-to-inosine editing of miR-200b-3p is associated with the progression of high-grade serous ovarian cancer. Mol Oncol. 2025 Aug 8. doi:https://doi.org/10.1002/1878-0261.70106PMID: 40779358
-
Erol A, Chwialkowska K, Zeller A, Skwarska A, Ostrowska A, Sokolowska G, Doroszko K, Sidorkiewicz I, Raczkowska J, Toczydlowski D, Michalska-Falkowska A, Kuzmicki M, Szamatowicz J, Gielazyn-Reszec J, Ryn M, Knapp P, Moniuszko M, Kretowski A, Niemira M. Repurposing of PI3K inhibitors for high-grade serous ovarian cancer: A novel competing endogenous network analysis-based approach.Comput Biol Med. 2025 Aug;194:110471. doi:https://doi.org/10.1002/1878-0261.70106PMID: 40779358
-
Loberti L, Adamo L, Antolini E, Casamassima G, Destrèe A, Brunetti-Pierri N, Genevieve D, Christophe P, Coubes C, Van Esch H, Herget T, Kortüm F, Lisfeld J, Möllring AC, Zenker M, Levy J, Perrin L, Tabet AC, Maruani A, Sorlin A, Stieber D, Herissant L, Dahan K, Sinibaldi L, Capolino R, Dentici ML, Dallapiccola B, Novelli A, Garavelli L, Caraffi SG, Piatelli G, Valenzuela I, Digilio MC, Caumes R, Knopp C, Chwiałkowska K, Jezela-Stanek A, Kwasniewski M, Korotko U, Gorzałczyńska E, Canitano R, Grosso S, Rahikkala E, Mattern L, Elbracht M, Zuffardi O, Caputo V, Toschi B, Beunders G, Leeuwen L, Elting MW, van der LaanL, Broekema MF, Groffen AJ, van de Kamp JM, van Haelst MM, Alders M, Mauro SP, De Razza F, Varvara D, Kick J, Gaspar H, Braun D, Lausberg E, Maier A, Ruault V, Genesio R, Tartaglia M, Tita R, Bruttini M, Longo I, Baldassarri M, Mencarelli MA, Renieri A, Pinto AM. AUTS2-related syndrome: Insights from a large European cohort. Genet Med. 2025 Jun;27(6):101375. doi:https://doi.org/10.1002/1878-0261.70106PMID: 40779358
We work with:
